Nuo kada žydai gyvena Trakuose sunku pasakyti: vieni istorijos tyrinėtojai mano, kad nuo Vytauto laikų, kiti – nuo XVII a. Kad Trakuose kadaise gyveno žydų bendruomenė, šiandien primena tik ant kalvos prie Lukos (Bernardinų) ežero nykstančios senos kapinės ir masinė Holokausto aukų kapavietė Varnikų miške.
Nuo XIX a. Iki XX a. Trakuose buvo 1487 gyventojai, žydai sudarė iki trečdalio miesto gyventojų. 1931 m. gyventojų surašymo duomenis rodo, kad iš 2805 Trakų gyventojų žydai sudarė 14,6 proc.
Pirmoji sinagoga Trakuose paminėta 1533 m. Lietuvos Metrikoje. Manoma, kad ji pavaizduota 1600 m. T. Makovskio graviūroje.
Apie tradicinio bendruomenės gyvenimo centru buvusią Trakų sinagogą pasakojama:
„Ji stovėjo negrįstoje gatvelėje (dabar tai Trakų g.), net po menkiausio lietaus virsdavusioje liūnu, ir kaip dauguma miestelio namų, buvo pastatyta iš medinių rąstų – tik iš išorės uždengta dažytomis lentomis, kurių spalvą laikas išblukino neatpažįstamai.
Ši medinė sinagoga greičiausiai buvo pastatyta apie 1862 m., tai buvo monumentalus, stačiakampio plano statinys. Kiekvienoje dalyje buvo langas. Pastato šiaurės vakarų dalyje buvo balkonas moterims. Apatinis aukštas buvo skirtas vyrams, o viršutinis – moterų galerija. Be to, sinagogoje buvo prieangis, kur Toros skaitymo ir pamaldų metu būriuodavosi šeimų galvos ir stoviniuodami ar vaikštinėdami aptarinėdavo kasdienius reikalus – nors toks elgesys buvo draudžiamas. Pirmajame aukšte kambaryje veikė mokykla, skirta vargšų vaikams, o neturtingi pakeleiviai ten galėjo apsistoti nakvynei.
Erdviame sinagogos kieme stovėjo rabino namas, pastatytas specialiai Trakuose tarnavusiam rabinui Nahumui Grinhauzui.
Po karo sovietų paversta sandėliu, sinagoga buvo nugriauta tik 1966 m. – praėjus ketvirčiui amžiaus po bendruomenės sunaikinimo. Laimei, prieš pat griovimą, kurį vėliau įvardijo kaip tuomečių rajono vadovų inicijuotą vandalizmo aktą, ją spėjo nufotografuoti didelę gyvenimo dalį Trakams pašventęs architektas Stanislovas Mikulionis (1935-1992).
