1409 m. remiantis Didžiojo kunigaikščio Vytauto privilegija, prie Naujųjų Trakų bažnyčios įkurta parapinė mokykla – antroji mokykla Lietuvoje.
1802 – 1818 m. klebonaujant Antanui Giedraičiui pastatyta parapinė mokykla (Birutės 6), kurios pastatas beveik nepakitęs išliko iki mūsų dienų. Metais vėliau Rusijos imperatoriaus įsaku Trakų bažnyčios mokykla perduota Vilniaus universiteto globon.
Tuo metu šiauriniame pastato gale buvo viena didelė klasė, pietiniame – du mokyklos direktoriaus kambariai, viduryje – sandėliukas. Patalpas šildė stačios koklių krosnys.
Pastatas rekonstruotas 1960 metais, tačiau jo planas ir apdaila mažai pasikeitė. Rekonstrukcijos autorius architektas St. Mikulionis.
Remontas atliktas 2000 metais. 2003 metais kieme pastatyta šv. Mergelės Marijos su kūdikiu skulptūra, skulptorius Nerijus Kavaliauskas.
Išlaikius mokyklos patalpų vidaus išplanavimą, namas pritaikytas gyvenamai funkcijai.
Šiuo metu pastatas yra Trakų parapijinės bažnyčios nuosavybė, jame dienas leido Trakų krašto garbės pilietis, emeritas šviesios atminties Monsinjoras Vytautas Rūkas.
Jis papasakojo apie bažnyčioje rastą lobį:
,,Lobį radau po bažnyčios grindimis. Prie zakristijos sienoje buvo slėptuvė. Kadangi bažnyčios sienos labai storos, 2,5 metro, dar Vytauto statytos, tai sienos nišoje buvo saugomos bažnyčios brangenybės. Prieš mane buvęs klebonas sakė girdėjęs, jog prasidėjus pirmajam karui, Marijos karūnas iš senosios slėptuvės perkėlė kitur.
Niekas nežinojo kur, tik senasis klebonas saugojo paslaptį ir man parodė paslėptojo lobio vietą.
Ir keisdamas grindis radau nuostabias Marijos ir vaikelio Jėzaus karūnas: dvejos poros, gal kokie 4 kg aukso, o dar rubinais, perlais papuoštos.
Dabar tos karūnos saugomos Bažnytinio paveldo muziejuje.“
2001 m. birželio 13 d. mons. Vytautas Pranciškus Rūkas Lietuvos Respublikos Prezidento buvo apdovanotas Lietuvos Didžiojo Kunigaikščio Gedimino ordinu.
