Paluknys ist ein altes Reihendorf am Bach Lukna, von dem wie man denkt der Name dieser Ortschaft entstanden ist.
1794 wurde hier eine Kapelle gebaut. Der Professor Jonas Volfgangas an der Universität Vilnius und Eigentümer des Vorwerks Paluknys hat im Jahr 1829 eine neue Holzkapelle gebaut. Mit der Genehmigung der Machtorgane hat Mykolas Sadovskis im Jahr 1904 seine Familienkapelle in Paluknys, andere Bauten und 2 Desjatinen Grundstück dem Bistum Vilnius geschenkt. 1905 wurde hierher eine provisorische Kirche aus dem Dorf Senieji Trakai gebracht. Diese Kapelle wurde 1906 repariert und vergrößert.
1921 wurde eine Gemeinde gegründet und die Kapelle in Paluknys diente als Kirche. 1926 wurden Türme an der Kirche hinzugebaut. Am 25. August 1941 ist die Kirche verbrannt. Beim Brand ist Kazimieras Packevičius (1884–1941) ums Leben gekommen, der hier seit 1915 Pfarrer war. 1943 wurde eine provisorische Kirche gebaut. 1981 wurde sie rekonstruiert: verlängert, verbreitet und ein Turm wurde hinzugebaut. Die Kirche ist rechteckig, mehrschiffig (Basilika), mit einem Turm, Vorbau und einem kleinen Turm. Innen gibt es 3 Schiffe, getrennt durch Säulen, und 3 Altäre.
Die Kirche des Heiligen Johannes der Täufer mit dem Grundriss eines länglichen Rechtecks und drei Schiffen steht in der Mitte des Dorfes Paluknys am ungepflegten Friedhof der Familie Volfgangas. Auf dem Kirchplatz gibt es staatsgeschützte Kunstdenkmäler: zwei Kaseln aus dem 18. Jahrhundert und die Holzskulptur „Rūpintojėlis“ („Christus auf der Rast“). Die Skulptur wird auf die zweite Hälfte des 17. Jahrhunderts datiert und gilt als die älteste Skulptur dieses ikonografischen Typs in Litauen. Der Professionalismus des Autors dieses Werkes lässt annehmen, dass die Figur Christus auf der Rast von einem Meister geschnitzt wurde, der irgendwie mit der Umgebung des Bernhardinerklosters in Vilnius verbunden war. Die Kapelle im Städtchen Paluknys gehörte den Bernhardinern in Vilnius und wahrscheinlich von dort gelangte die Skulptur in die heutige Kirche.
