Staroobrzędowcy osiedlili się na Litwie po wprowadzeniu przez patriarchę Nikona reformy w rosyjskiej Cerkwi za czasów rządów cara Rosji Aleksego Michajłowicza. Głową kościoła ogłoszono cara Rosji, a wraz z tym zmieniano i usuwano rozbieżności w kościelnych księgach i w nabożeństwach. W 1656 r. sobór kościoła wyłączył z rosyjskiej Cerkwi przeciwników reformy – staroobrzędowców. Prześladowani przez władze kościelne i świeckie, staroobrzędowcy ciągnęli do puszczańskich obszarów i lasów, biegli za granicę. Część z nich przybyła na Litwę, od dawna słynącą z tolerancji dla innych religii. Jednym z miejsc, na którym się zatrzymali, była wieś Daniliszki leżąca na ziemiach dworzanina Riomerisa. W XIX wieku w okręgu trockim znajdowało się co najmniej 47 wsi zamieszkiwanych przez staroobrzędowców.
Niegdyś Daniliszki były wielką wsią staroobrzędowców. Mieszkało w niej zaledwie kilku katolików. Wspólnota staroobrzędowców we wsi Daniliszki liczyła 116 osób. Przypomina o tym cmentarz koło wsi. Znajdują się tam nagrobki z podwójnymi krzyżami, a na pomnikach wyryto imiona, które już rzadko usłyszysz. Powstała w XVIII wieku wspólnota staroobrzędowców w Daniliszkach jest najstarsza w kraju wileńskim. Początkowo należała do odłamu fiedosiejowców, a od XIX wieku – do pomorzan.
Pośrodku wsi nadal stoi jeden z 13 domów modlitewnych litewskich staroobrzędowców, który zbudowano w 1817 r. Do 1825 r. z tej cerkwi korzystali również staroobrzędowcy z Wilna. W okresie pierwszej wojny światowej poważnie ucierpiała. W 1931 r. zbudowano nową drewnianą cerkiew z dzwonnicą na betonowym fundamencie. W 1937 r. liczyła 194 członków. W czasach radzieckich cerkiew zamknięto, a po 1990 r. została odtworzona i odrestaurowana. Cerkiew składała się z przestrzennej sali modlitewnej i pokojów mieszkalnych rodziny popa. Uczęszczali do niej także członkowi wspólnoty mieszkający w Hanuszyszkach i Stokliszkach.
Wieś Daniliszki upada. Obecnie mieszka w niej tylko kilka rodzin staroobrzędowców, mimo to pełni ona znaczącą rolę w życiu ich wspólnoty, gdyż na odbywające się w cerkwi nabożeństwa przybywają staroobrzędowcy mieszkający w innych regionach Litwy, a na działającym cmentarzu są grzebani ich umarli.
