Wieś Rudziszki jest wspominana od 1774 r. Od 1864 r. po wybudowaniu linii kolejowej Warszawa – Petersburg zaczęła szybko rosnąć. W dawnych czasach było to wyjątkowo wodniste miejsce. Uważa się, że w okolicach miejscowości wytapiano rudę błotną, dlatego też nazwano ją Rudziszkami.
W 1908 r. władze wydały pozwolenie na wybudowanie w Rudziszkach Kościoła Serca Jezusowego, filię parafiii w Trokach. Na początku pierwszej połowy XX wieku Serce Jezusowe stało się najpopularniejszym tematem w litewskim malarstwie kościelnym. Do pobożności pobudziły wizje Małgorzaty Marii Alacoque: w 1674 r. przed zakonnicą objawiło się zranione Serce Jezusa otoczone cierniowym wieńcem, symbolizującym cierpienia zadawane przez ludzkie grzechy. Obrazy Jezusa stworzone według obrazu namalowanego przez świętą i modlitwy do Najświętszego Serca szczególnie rozpowszechniły się po beatyfikacji Małgorzaty Marii Alacoque w XIX wieku i jej kanonizacji w 1920 r.
W 1909 r. do Rudziszek wyznaczono księdza A. Žemaitisa, kóry w mieszkalnym domu urządził ołtarz i zaczął odprawiać nabożeństwa. W 1910 r. założono parafię, która znacznie się rozrosła w ciągu wieków. Z pierwszych zapisów do parafii wynika, że tworzyło ją czterystu parafian, a obecnie są ich cztery tysiące.
W latach 1925–1932 ksiądz J. Jurkevičius wraz z parafianami wybudował obecny murowany kościół. W 1980 r. był odremontowany. Kościół jest w stylu historyzmu, nosi cechy neoromantyzmu i neogotyku, ma plan krzyża łacińskiego, jedną wieżę i wieżyczkę. Wnętrze składa się z trzech naw. Podwórze kościelne jest otoczone murem.
